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Matsue est située au sud-ouest de l’archipel japonais, tout au nord du département de Shimane. Shimane fait lui-même partie de de la région du Chûgoku, composée de quatre autres départements (Tottori, Okayama, Hiroshima et Yamaguchi).

On divise habituelle la région du Chûgoku en deux parties : le San-yo, au sud côté Mer intérieure et Océan Pacifique, et le San-in, côté Mer du Japon, dont Matsue est la plus grande ville.