1868 fut une année charnière au Japon, puisque la « restauration impériale de Meiji » vint mettre fin à plusieurs siècles de système féodal. La commune de Matsue naquit l’année suivante après l’abolition du système des domaines. Plusieurs tourelles et portes du
château de Matsue furent alors détruites en 1875, mais le donjon fut sauvé grâce aux efforts et aux donations de plusieurs citoyens de la ville. Le donjon est de nos jours un des 12 derniers « donjon authentiques » subsistant au Japon.